教廷科学院会议进程与一般学术会议无异，宣读论文，问答，讨论，与会者照集体相，等等。会后出版了文集（Proceedings of the study week on cosmology and fundamental physics， 1982，Citta Del Vaticano）。祇有10月3日一天，与一般学术会议不同。那天的主要活动是教皇约翰。保罗二世接见全体与会者。教皇要与每个人握手并照相。熟悉中西关系史的欧洲人都知道（美国人大多不知道），当年欧洲各王国臣民在与乾隆帝见面时，每一个礼仪细节都要讲究，是双膝下跪，单腿下跪，鞠躬……，都有不同的含义。时代虽不同了，“礼仪”政治文化依然在。1981年，保罗二世正在为罗马天主教寻求进入PRC之门，他还没有同PRC公民在公开的正式场合握过手。而我，除宣读论文外，无其他授权。为免于引起“礼仪”误读。不如回避吧。欧洲同行也赞成，那天我没有参加教皇接见，而去了罗马大学物理系。该系学生非常亲意共，到处用红漆写着P.C.I. （Partito Communista Italiano），但P.C.I.中也有天主教徒。
山顶上的梵蒂冈天文台，尽脱俗气，圣洁，连接天廷和凡界。东望，是一片湖水；北望，是起伏于七丘之间的古罗马和新罗马（EUR），是静思宇宙起源的佳处。但是，风光和环境太美了。不少时间反而被引诱去“享受生活”。在天文台上，我有一间办公室，但很少用它做研究。那期间，祇写了一篇三个作者的文章交账（Clustering in a two component universe， L.Z.Fang， S.X.Li and S.P.Xiang， Astr. & Astrophys. 140， 77， 1984）。其中S.P.Xiang现仍为科大教授。
S.J.也非常尊重我们的信仰和规范。几个月的岗多夫堡生活中，他们从未向我或我的同事传教，也没有请我们参加弥撒。岗多夫堡有一个对公众开放的天主教堂。礼拜天常有结婚仪式在此举行，可以旁观新人指天为誓的场面（意大利的离婚率相对较低）。梵蒂冈宣传部（Departmento di Propaganda）的神父们倒是带我们去参观过一些有名的意大利教堂，如那不勒斯的圣多美教堂，苏连托的教堂，那都是欧洲基督教文明的重要遗迹。前者是托马斯。阿奎那 “求证上帝存在”的地方，后者有9世纪的钟楼。到意大利是不能不看的。
80年代末，梵蒂冈天文台受教皇约翰。保罗二世教皇之命，要编一本“John Paul II on science and religion： reflections on the new view from Rome”。目的是开展新一轮的宗教神学与科学的对话。邀请20位教授着文谈“科学与宗教”。我是被邀请者之一。
保罗二世的最常被引用的“科学与宗教”语录是：“科学暨（宗教）信仰皆为上帝之馈赠。”（Both Science and Faith are gifts of God）。这里的关键是如何理解“上帝”。爱因斯坦在回答“什么是你对上帝的理解”一问时说，他的上帝是被开除犹太教籍的斯宾诺莎的“pantheistic” .是“泛神论”，“自然神论”？还是不翻译为好，总之它是爱氏自己加了括号的pantheistic，祇有他自己有权解释其意义。利玛窦也尊重中国人的尊孔，说中国人的尊孔就相当他们的尊上帝。可见，各人有各人对“上帝”（形而上的终极观？）的理解 .信仰，从来就是多样的。“一个上帝，各自表述”，或许才能赢得共识。